早期乳腺癌治疗模式的变革，是架构于医学界对乳腺癌生物学特性的认识不断精进，并且开发出针对早期乳腺癌的专属治疗方案。
首先，腋下淋巴结扩散的早期乳腺癌患者其复发风险会比较高，而术后辅助性化疗确实有助于改善患者的预后，且在许多大型的荟萃性研究的分析结果，均证实数种药物联合的辅助性化疗可显着降低乳腺癌复发率和死亡率（分别降低28%和16%）。
之后医学界发现占比约三分之二之强的乳腺癌患者是荷尔蒙受体阳性，可以透过多种内分泌疗法长期的治疗去抑制雌激素受体的讯号传导，让患者的复发风险降低；20世纪80年代初， 两项临床试验NATO和NSABP的结果，首次证实荷尔蒙受体阳性的早期乳腺癌患者接受内分泌疗法-tamoxifem的辅助治疗，确实有临床上的帮助，证实tamoxifem的辅助治疗可以让乳腺癌疾病的复发率和死亡率均显着地降低（分别为25%和17%）。
且部分乳腺癌的HER-2基因异常与肿瘤的发生发展密切相关，所以当HER-2成为治疗靶点之时，可以让HER-2阳性的乳腺癌患者的复发风险降低。针对HER2阳性乳腺癌患者，使用HER2靶向治疗，是乳腺癌个体化治疗演变的一个重要里程碑。且于名为HERA的临床试验证实，辅助性化疗搭配使用1年的曲妥珠单抗的靶向治疗，10年无病生存期延长的获益率可以达6%~8%。
辅助治疗试验的演变
早期乳腺癌的术后辅助性化疗使用蒽环类药物的化疗方案搭配紫杉醇类药物，可以使腋下淋巴结阳性的乳腺癌患者之8年疾病复发率降低了4.6%，8年乳腺癌死亡率降低2.8%，全因性的死亡率降低3.2%。
新的辅助治疗最初用于局部晚期或是不能手术切除肿瘤的患者，期望在新能够经过新的辅助治疗来降低肿瘤负荷，增加手术完整切除肿瘤的机会。且会有利于提高病患想要保乳的机会。但名为NSABP-B18的临床试验证实，采用术后辅助性化疗或是新的辅助治疗，于预防癌症复发和总生存期的延长之疗效，两种方式间的比较，均无显著差异。
新的辅助性的抗HER-2治疗成绩，就迥然不同。根据NeoSphere试验中，新辅助使用抗HER-2双靶向治疗，让HER2阳性的乳腺癌患者，可以显著提高前期治疗达成病理上肿瘤完全消失的比率（pCR）；后来更大样本量的新的辅助性的抗HER-2治疗的临床试验APHINITY证实，证实了该疗法的有效性。
新辅助使用抗HER-2治疗，可以通过量测靶病灶的直径大小，去快速、直观评估新辅助治疗疗效，并比较治疗前、治疗期间和治疗后肿瘤生物学的变化，经过长期研究，新辅助治疗试验的研究终点为先期治疗达成病理上肿瘤完全消失的比率（pCR），可以作为长期预后指标的替代终点。且随着美国食品药药管理局（FDA）认可，pCR可以作为乳腺癌新药加速核准的替代终点。
KEYNOTE-522试验则标示着新辅助使用免疫检查点抑制剂治疗的临床试验正式进入免疫治疗的新时代。这项收录了1,174位患者的大型、第3期的临床试验证实新辅助治疗使用免疫检查点抑制剂pembrolizumab搭配化疗，可以治疗高侵袭性的早期三阴性乳腺癌，让先期治疗达成病理上肿瘤完全消失的比率（pCR）和无病生存期（EFS）均较新仅使用单独化疗者，获得显著的改善。该项试验还提示，pCR的成绩改善并不是生存结局得以改善的可靠替代性指标；但于后基因组时代的新辅助治疗试验，却是有助于深入剖析肿瘤生物学的特征，以及寻找有临床价值的生物标记物。
对于荷尔蒙受体阳性且HER-2受体阴性的乳腺癌患者，Ki-67(细胞增生指数)的水平或许有助于预测新辅助治疗的预后。两项小型新辅助治疗的临床试验IMPACT和Z1031所披露的结果指出，于荷尔蒙受体阳性且HER-2受体阴性的乳腺癌患者，使用新辅助的抗尔蒙治疗治疗后2～4个礼拜的Ki-67(细胞增生指数)的水平，比起治疗前的Ki-67水平之降幅，能够更好地去预测患者的临床治疗结果。临床试验POETIC，该研究收录了4480例荷尔蒙受体阳性且HER-2受体阴性的早期乳腺癌患者，在手新14天随机接受芳香环酶抑制剂或是安慰剂的治疗，结果发现，治疗前的Ki-67水平＜10%，或是经过2周的内分泌治疗后的Ki-67水平＜10%，这些患者疾病的复发风险会因为内分泌治疗而降低了更多，提示动态检测Ki-67水平可以帮助筛选出可能无需治疗升级的患者。对于内分泌治疗没有让Ki-67水平减少的患者，此时若让后续治疗升等，其临床获益的可能性并没有帮助，例如在Z1031的临床试验结果显示，接受短期的内分泌治疗后，Ki-67水平没有减少的患者，后续改为使用化疗，其治疗达成病理上肿瘤完全消失的比率（pCR）未见有提高。
残余肿瘤的负荷（简称RCB），乃是根据残余肿瘤的大小、肿瘤细胞和原位癌细胞所占的比例以及阳性淋巴结的数量和肿瘤转移的情况进行综合性的评估，根据相关参数，RCB可以分为四个等级，RCB 0（也就是上述的pCR）、RCB 1、RCB 2和 RCB 3。RCB与新辅助治疗的长期成绩之关联，已经在荷尔蒙受体阳性且HER-2受体阴性的乳腺癌、HER2受体阳性的乳腺癌和三阴性乳腺癌中已得到证实。在早期乳腺癌新辅助治疗的临床试验中，RCB越来越多地被当作为研究的临床终点。用RCB和无事件生存时间（EFS）作为替代pCR之临床是否获益的指标，藉此能会提高新辅助治疗临床试验结果的准确性。
而手新内分泌治疗的预后指数（简称PEPI），却有助于筛选出需要将内分泌治疗升级的患者。PEPI乃是根据新内分泌治疗治疗后的肿瘤大小、淋巴结状态、雌激素受体状态和 Ki-67的阳性率作评估，而于IMPACT试验中就证实了PEPI的评分，确实可以成功预测患者的无复发存活率的成绩。
且在接受内分泌治疗的乳腺癌患者中，我们目前可根据肿瘤的基因表达特征来筛选出适合将乳腺癌辅助治疗降级的患者。MammaPrint和Oncotype-DX的基因检测结果，帮助我们找选出可以仅使用内分泌辅助治疗、而不需要用化疗，就能获得较佳临床结局的患者。
而分析肿瘤的内在亚型（tumor-intrinsic subtypes）可以指导患者的辅助治疗是该升级或是降级。在使用PAM50基因分析的乳腺癌分型中，HER2过度表达型的患者在先期治疗后达成病理上肿瘤完全消失的比率（pCR）的可能性会更高。
长期以来三阴性乳腺癌缺乏有效的靶向治疗药物，化疗一直是唯一有效的辅助治疗。但近年来，三阴性乳腺癌的治疗取得长足进步，包括PARP靶向药物、免疫检查点抑制剂和抗体化疗复合体药物(ADC)等，均显著改善了三阴性乳腺癌预后。而KEYNOTE-522试验则标示着新辅助使用免疫检查点抑制剂治疗，让pembrolizumab的治疗显示出前景，但迄今为止，PD-L1表达的水平、肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）、肿瘤突变负荷、错配修复基因是否缺陷的状态、免疫基因特征和肿瘤分子亚型等生物标记物，都尚无法预测早期三阴性乳腺癌是否会对免疫检查点抑制剂是否有治疗的反应。
新辅助治疗的好处之一，是可以根据新辅助治疗的效果决定术后辅助治疗治应该要升级或降级。尽管pCR的指标并不完美，但新辅助治疗后未获得pCR患者的预后，通常比达到pCR患者的长期生存结果要更差，因此对于新辅助治疗后未达到pCR的患者，后续治疗可能需要升级治疗。在CREATE-X试验中，910例接受新辅助化疗后，但未达到pCR的早期HER2阴性的乳腺癌患者，随机分配使用6～8个疗程的口服化疗capeciatbine、或是不进行治疗。全人群分析显示，口服化疗capeciatbine的术后强化辅助治疗可以显著改善疾病复发率和存活率。在KATHERINE试验中，1486例接受新辅助化疗搭配抗HER-2靶向治疗后未达pCR的HER2阳性的早期乳腺癌患者，随机分配接受第三代HER-2靶向T-DM1或是第一代HER-2靶向药物曲妥珠单抗 14个疗程，结果表明未获得pCR患者换招改用T-DM1，会让疾病复发率减少50%。
随着基因组学、蛋白质组学、代谢组学、药物遗传学和功能成像等新兴技术与精准医疗逐渐在临床的应用，早期乳腺癌的的辅助治疗将迈入新时代。
使用液态切片技术，一种无创伤性的检测方法，液体活检有望先于影像检查更早侦测出疾病的复发，因此可能成为辅助治疗中的重要评估工具，以筛选出需要进一步强化治疗的患者，并指导新辅助治疗后的治疗是应该要升级或是降级。透过检测微小残留病灶(MRD)，术后MRD阳性者其日后出现远处癌症复发的风险也较高，且从MRD首次检出阴转阳，至临床确认复发的时间间革，竟然超过了近3年。但在检测到MRD检出阴转阳后，立即进行临床的干预，能否因此改善患者的预后，还需要更多临床试验来确定。
功能性的肿瘤影像分析，似乎也可以帮助肿瘤科医师预测新辅助治疗的反应，并藉此相应性地调整后续治疗方案。
此外对单一乳腺癌细胞的基因测序和空间转录组的测序技术，对于理解癌细胞与不同细胞之间的相互作用至关重要，也能够解析肿瘤间和肿瘤内异质性。
为优化资源，提高效率，并最大程度去减少乳腺癌患者接受不令人满意的、有时甚至是过度治疗的风险，目前新辅助治疗的临床试验转向于关注在“发现临床治疗有意义的讯号”、随机性但收录患者数量有限的2期临床试验，并随后在更大规模随机3期试验中进行证实所发现临床治疗有意义的讯号是否为真。美国的I-SPY试验就是采用了这种策略，对早期腺癌患者进行新辅助治疗和个体化适应性新药评估，以确定哪些新药对特定乳腺癌亚型是最有效的，并确定治疗有效的早期预测因子为核；根据患者收录时的分子基因亚型分配到各个实验组，当试验药物预测的概率达到预先指定疗效或无效的水平时，该药物就会被宣布可以继续或停止更进一步的大规模测试计划。这种模式可以使新药评估快速进展，从而快速评估新药的可行性。
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