癌症精准治療，應該是在相應的疾病階段，根據腫瘤的分子和免疫特徵，為患者選擇適合的抗腫瘤藥物。
而未來十年的精准癌症治療上有哪六大謎題呢?
謎題1：精准癌症治療給予的時機是否正確？
以imatinib (伊馬替尼，Gleevec)治療慢性骨髓性白血病為例，慢性骨髓性白血病存在有BCR-ABL的融合基因，當患者發展到急變期（Blast Crisis），那麼即使用上imatinib治療，患者中位總體生存期還是不到足1年，這是因為疾病到達這個階段已經出現所謂“克隆進化”（Clonal Evolution），會出現BCR-ABL融合以外的驅動基因，改變了腫瘤生物學行為。
那麼在其它實體癌症的標靶治療，會不會也有類似的情景呢？
而目前各種標靶藥物的治療適應證，大多是用於治療晚期、轉移性的患者，此時患者往往會合併有各種的共突變，這些在疾病較晚階段才出現的共突變，很可能就是標靶藥物的朱隊友，導致該標靶治療無法達到長期疾病緩解的李享目標。
所以理想上應該是要讓標靶藥物盡可能運用在疾病的早期，也就是在腫瘤基因突變尚不太複雜時就導入其治療，如此所面對的疾病格局可能就完全大不同了，或許能夠複製imatinib治療慢性骨髓性白血病的大成功，但這也就同時意味著，如果能在診斷癌症的過程中就及早佈局完善的基因檢測，且同時已經有大型前瞻性的臨床試驗的研究結果，足以提供標靶藥物運用在疾病早期的充分的可行性證據。
謎題2：致病基因突變何時才會導致癌症發生？
當致癌基因出現突變，才會導致正常細胞朝向癌細胞轉化，以大腸直腸腺瘤、這癌前病變為例子，癌症病變往往先起源於單個抑癌基因的突變，但要一直到多個基因突變才有機會導致癌症。
而癌細胞之所以能夠過度生長和增殖、侵犯正常組織、進行免疫監視下的脫逃，也是與致癌基因的突變有關。
但事實上在很多非癌症疾病中，也能見到許多常見的致癌或是促癌基因的突變，例如:TP53基因的突變就會出現在類風濕關節炎，其對疾病的影響也完全迥異於癌症。
致癌或是促癌基因的基因突變，是否會因此導致細胞功能的改變，才是這些變化是否會致癌或是促癌的關鍵。所以，臨床醫師在作出治療決策時，也要充分考慮到這一點，從而找出真正導致癌症的關鍵治療靶點。
謎題3：致癌突變是否存在”組織趨向性”的情形？
最近這些年，有所謂不定腫瘤類型(Tumor- Agnostic Treatment for Cancer)，亦可稱不定組織類型(Tissue-Agnostic Treatment) 的新治療模式，最有名的例子是原肌球蛋白受體激酶抑制劑(NTRK inhibitor)以及針對腫瘤突變高負荷（TMB-H）的免疫治療。不定腫瘤類型就是只要檢出相應的基因變化情況，不管患者的癌症是發生在什麼部位，是哪種來源的癌症，都可以不限定腫瘤類型而用藥。
但不定組織類型(Tissue-Agnostic Treatment) 的新治療模式是否有點操之過急呢？
有一個反面的教材，就是BRAF-V600E基因突變，BRAF抑制劑可以單獨使用在黑色素瘤的治療，但單用BRAF抑制劑這個招式到了大腸直腸癌的區塊就槓龜，因為BRAF抑制劑單用在腸癌上，就會出現EGFR所主導的MAPK訊號通路的活化，反而導致抗藥性，所以治療BRAF-V600E基因突變的大腸直腸癌。就要改變招式，使用BRAF抑制劑要與EGFR抗體一起使用，效果才更好。
因此精准治療時代下，使用基因突變來分層癌症的類型，雖然是一種似乎可行的思維，但也必須同時兼具考慮靶向共突變的問題。
但對於原發位置未明的癌症，基於廣泛檢測結果來選擇精准治療藥物，仍然是有高度指導價值。不過，某些基因突變確實也可能是特定癌症 “專屬” 的，例如BCR-ABL融合就很少會出現在慢性骨髓性白血病以外的癌症中。
謎題4：應該靶向哪部分的腫瘤克隆？
從克隆進化的角度來看，癌症療藥物會造成的選擇壓力，會使一部分癌細胞發生克隆性的進化，從而導致治療抗藥和癌症復發，但這也意味著，如果基因檢測發現相對應的治療靶點，靶點可能也只會存在於小部分的癌細胞當中，而不能代表整個腫瘤的狀態。
為了盡可能地提高療效，精准抗癌可能需要一次性地去靶向多個腫瘤的克隆，或者是靶向不同腫瘤克隆中所共有的基因突變或是共同的信號通路，但前提是要把上述的目標分別找出來，而單細胞基因測序技術可能是達成這個目標的關鍵武器。目前針對多發性的轉移灶也可以嘗試液態切片來找尋。
但如此下來，可能需要聯合多標靶的治療，所帶來更多的毒性也需要考慮。
針對單一突變基因或單一克隆索進行的治療，也可能因此會帶來腫瘤內發生一連串的動態改變。從競爭優勢的角度而言，尚未被靶向的腫瘤克隆可能因此反而會加快生長，是否應該將此優先作為治療目標？這些都有待更多研究證實。
謎題5：臨床醫生應該如何透過基因檢測更瞭解患者？
患者的原有基因組背景對機體的免疫狀況、基因突變功能都會有影響。
然而目前似乎還侷限於“特定癌症且有攜帶特定突變基因的患者有特定的特徵”，例如:ALK陽性肺腺癌最多見於年輕、女性、不吸煙的亞裔患者，但對背後的原因為何還不瞭解，更談不上藉此指導臨床實務。
未來隨著基因測序研究提供更多的資訊，臨床醫師也需要從基因組層面去瞭解每一例患者，包括患者所屬的人種和地區癌症圖譜，導致癌症的直接病因或飲食等生活方式因素對基因組的影響，以及患者個體的嚐腸胃道微生物狀態及影響等。
謎題6：什麼時候才適合使用免疫治療？
近年來免疫檢查點抑制劑相當夯，不過對免疫治療如何起效，以及哪些患者更最適合免疫治療，目前一學界所知仍然不多，現行使用腫瘤突變負荷（TMB）和PD-L1表達水準來指導免疫治療，其實並不靠譜。
以治療腫瘤突變高負荷的患者為例，一般認為大量基因突變因而產生的新抗原具有免疫原性，因而能被免疫細胞識別，然後免疫檢查點抑制劑的治療會讓T細胞重新恢復活性，如此就能發揮效果了，但也不是所有腫瘤突變高負荷的患者都是如此，勢必還有些其它因數會影響免疫檢查點抑制劑的治療。
另外免疫治療應該盡早使用，並且儘量嘗試標靶與免疫聯合的治療。
小結
未來的癌症精准治療，絕對是需要基於基因檢測的結果，為每位患者制定個體化的標靶與免疫的聯合治療案，或是對最適的患者開展免疫治療，這絕對需要對患者及腫瘤的基因表型和功能型進行詳盡的瞭解。
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