重構三陰性乳癌的表觀遺傳主幹-從遠端調控元件到精準免疫與代謝標靶治療的新曙光
陳駿逸醫師 傳統三陰性乳癌(TNBC)分類策略高度依賴塊狀組織(Bulk tissue)mRNA 轉錄組學,常受限於腫瘤純度與微環境異質性干擾。本專題深入探討 2025 年發表的 TNBC 全基因體 DNA 甲基化圖譜研究,該研究利用 SCAN-B 臨床隊列,首創全基因體定序(WGS)推估之細胞比例進行純度校正(Purity-adjusted beta values),並精準鎖定具備動態開放染色質的遠端調控元件(Distal ATAC-peaks),成功排除非惡性細胞雜訊,定義出腫瘤本質的表觀遺傳亞型(Epitypes),為精準腫瘤學奠定全新里程碑 。 mRNA Taxonomy 的臨床瓶頸與表觀遺傳調控之未解謎團 三陰性乳癌因缺乏 ER、PR 及 HER2 擴增,長期以來被視為高度異質且臨床極具挑戰性的乳癌亞群 。過往 Lehmann 等人提出的 mRNA 分型(如 :LAR、BL1、BL2、M)雖推進了我們對腫瘤表型的認知 ,但在臨床實際應用中,塊狀組織(Bulk tissue)常混雜大量的間質細胞、成纖維細胞及免疫細胞,使得真正的「腫瘤本質(Tumor-intrinsic)」轉錄訊號被背景雜訊所掩蓋 。 多數傳統甲基化研究僅聚焦於高 CpG 密度(HCP)的基因啟動子(Promoter)或 CpG 島(CGI),然而這些區域通常處於結構性常染色質(Constitutive euchromatin)狀態,變異度極低 。相反地,位於基因體「遠端海洋(Distal oceans)」的增強子(Enhancers)與動態開放染色質區域(ATAC-seq peaks),才是決定細胞分化與腫瘤惡質轉型的关键调控核心,卻在過往分類中被嚴重忽視 。










